建设工程价款结算后，发包人逾期付款，承包人能否按原合同约定主张每日千分之三违约金？本文结合一则真实判例，剖析补充协议对原合同条款的变更效力，并给出实务操作指引。
案情回溯：从分包合同到补充协议
2019年1月，原四川省建科工程技术公司（后更名为“四川某建筑科技公司”）与被告“中信某建工集团”签订《加固及纠偏专业分包合同》，约定由前者对北海某地块项目4#楼进行基础加固及纠偏施工。合同约定固定含税总价2549745元，并载明“如因甲方不按时向乙方支付工程款，按应付未付款项每日千分之三支付违约金”。
同年7月，双方又签订《补充合同》，将工程内容调整、总价变更为2961665元，并重新约定了付款节点，但未再提及违约金条款，仅说明“本补充合同条款如与原合同不符，以本补充合同为准”。
2020年9月工程验收合格，同年11月双方结算确认最终金额为2898630元。被告仅支付1649548.65元，尚欠1249081.35元。原告诉请支付余款及按日千分之三计算的违约金，被告则抗辩违约金标准过高，只认可按LPR利率计息。
裁判要旨：补充合同已变更原违约金条款
法院经审理认为，双方签订的《补充合同》明确约定“以本补充合同为准”，且补充合同未约定违约金计算标准，因此原告主张按原合同每日千分之三支付违约金，与事实不符，不予支持。
判决书原文指出：
因双方签订的该份补充合同已经对《加固及纠偏专业分包合同》的内容进行了变更，亦明确以本补充合同内容为准，故原告主张按照《加固及纠偏专业分包合同》约定的违约金计算标准要求被告支付违约金，与事实不符，本院不予支持。
据此，法院依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十六条，判决：
被告应当以1249081.35元为基数，自2021年2月25日起按照同期全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率计付利息损失至实际付清之日止。
最终，被告需支付工程余款1249081.35元及按LPR计算的利息损失，驳回原告其他诉讼请求。
实务启示：三招锁定违约金条款效力
本案给建设工程施工合同当事人敲响警钟。为避免“高额违约金”落空，建议如下：
第一，补充协议中明确约定违约金条款是否继续适用。 若原合同违约金标准较高，补充协议未提及，容易被认定为变更。应在补充合同中写明“原合同违约金条款仍继续有效”或“违约金按原合同第X条执行”。
第二，签约前梳理所有协议文本的效力层级。 本案补充合同用“以本补充合同为准”一句话涵盖了全部不一致内容。承包人应仔细核对补充合同与主合同条款的差异，尤其是付款、违约、争议解决等关键条款。
第三，逾期付款后及时主张利息或违约金。 即使合同未约定违约金，也可依据司法解释主张LPR利息损失。如约定标准过高，法院会依法调减；如无约定，LPR是兜底保障。
行业思考：结算后更需关注“钱袋子”
建设工程领域，结算难、付款难是通病。本案中承包人虽在结算后胜诉，但因未守住违约金条款，损失了高额逾期罚息。建议承包人在结算阶段同步签署《结算确认书》时，将欠付工程款的利息起算时间、利率标准明确写入。发包人则应重视补充协议的严谨性，避免因表述模糊引发争议。
作者： 姜清东，北京安博（上海）律师事务所
来源： 裁判文书网，案号：（2021）桂0503民初3753号